Kompaktowa (modułowa) konstrukcja (szerokość 450 mm, wysokość głównej jednostki 690 mm, wysokość modułu zasilającego 450 mm, przy wadze 213 kg łącznie z pompą próżniową) minimalizuje powierzchnię zajmowaną przez system, w porównaniu do innych mikroskopów SEM (np. szerokość 800mm, wysokość 1800mm i wadze 550 kg) o podobnych parametrach. Cały system wymaga do zasilania jedynie standardowego napięcia 230 V 50/60Hz z gniazdka ściennego. Mikroskop FlexSEM 1000 II łączy w sobie innowacyjne, technologiczne cechy z intuicyjnym interfejsem, aby zapewnić adaptację i elastyczność w potężnym, zautomatyzowanym i przyjaznym użytkownikowi urządzeniu. Dzięki ulepszonym algorytmom korekcji obrazu AFC i ABCC, skrócono czas otrzymania widoku o odpowiedniej ostrości, jasności i kontraście. Dzięki wbudowanej kamerze lub zewnętrznemu źródłu obrazu możliwa jest łatwa orientacja detektorów względem próbki (SEM MAP). Najnowocześniejsza technologia 3D dostarcza nieporównywalnej wydajności obrazowania z wykorzystaniem detektorów SE i BSE, również w środowisku zmiennej próżni, cechy dotychczas dostępnej tylko w pełnowymiarowych skaningowych mikroskopach elektronowych. Mikroskop posiada w zestawie detektor EDS firmy OXFORD Instruments AZtecOne. FlexSEM 1000 II pozwoli na efektywną pracę zarówno dla użytkowników doświadczonych z mikroskopią elektronową, jak i dla początkujących w takich obszarach jak biologia, metalurgia, zaawansowane materiały inżynierskie, fotowoltaika czy aeronautyka.